El barrio debe su nombre a Eduardo Madero, comerciante de la ciudad que presentó tres proyectos de puerto, el último de los cuales fue aprobado por el entonces Presidente de la Nación Julio Argentino Roca en 1882. Desde su fundación la ciudad de Buenos Aires había tenido problemas para que los grandes barcos pudieran descargar lo que transportaban en sus orillas. La escasa profundidad del río hacía que los navíos no pudieran acercarse demasiado a la costa, debiendo permanecer lejos de ella y descargar sus pasajeros y mercaderías en grandes carretones o en lanchas. En 1882 el gobierno nacional contrató al comerciante Eduardo Madero para que se encargara de la construcción de un nuevo puerto que solucionara estos inconvenientes. El proyecto de Madero resultó elegido de entre muchos otros, destacándose entre los desechados la propuesta del Ingeniero Huergo, quizás la más adecuada para la ciudad en ese entonces. Sin embargo el país deseaba dar una imagen de modernidad y el proyecto de Madero, con diques, exclusas y puentes giratorios, ciertamente lograba este objetivo.
Este puerto nació y murió como tal, pero revivió como el mayor emprendimiento inmobiliario de la capital: el reciclaje de sus docks abandonados y transformados en lofts, oficinas elegantes, restaurantes y espacios de arte. Estos galpones fueron fieles a la arquitectura utilitaria inglesa del ladrillo.El vistoso Puente de la Mujer, también embellece el barrio desde diciembre de 2001, aún más desde 2005, fecha en la cual un moderno sistema de iluminación fue colocado en el puente que permite ver con facilidad de noche la vista que proporciona el mismo. Puerto Madero es el barrio más joven de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires. Su ubicación cercana a la zona céntrica de la ciudad, lo extenso de su área y su vista al río hacen de este barrio uno de los más exclusivos de Buenos Aires. Una de las características más notables de Puerto Madero, es que en el barrio se encuentra la Reserva Ecológica de Buenos Aires.
Cuenta con museos como el Museo Corbeta Uruguay, el más antiguo de la Armada Argentina llegado al país en 1874. El Museo Fragata Sarmiento, que lleva el nombre del fundador de la escuela naval que llegó al país procedente de Inglaterra y se convirtió en 1897 en el primer buque escuela moderno que tuvo la Argentina construido específicamente con ese fin y es un testimonio de las jornadas en la formación naval de la juventud argentina. Construida por encargo del Gobierno argentino, la fragata fue armada y botada en Birkenhead (Inglaterra) en 1898. Un año después realizaba su primer viaje de instrucción como buque-escuela. Tras realizar 39 viajes y sumar 1 100 000 millas náuticas (o sea más de cuatro viajes de ida y vuelta a la Luna), actualmente ha sido convertida en buque-museo.
Tambien se encuentran lugares muy exclusivos como el Yacht Club Puerto Madero, situado frente al Dique 4 (donde funciona la primera marina internacional); el Casino Flotante y el Luna Park.
